在應用過程中還發現不能用等離子體清洗很好除去表面粘附的指紋，而指紋是玻璃光學元件上常出現的一種污染物。等離子體清洗也不完(全)不能用于出去指紋，但這需要延長處理時間，這時又不得不考慮到這是他會對基材的性能造成不良的影響。所以還需要采用其他清洗措施進行預處理相配合。結果使清洗工藝過程復雜化。

       還有不能用這種方法除去物體表面的切削粉末，這點在清洗金屬表面油垢時表現尤為明(顯)。實踐證明不能用它清楚很厚的油污，雖然用等離子清洗少量附著在物體表面的油垢有很好的效(果)，但是對厚油垢的清(除)效(果)往往不佳。一方面用它清(除)油膜，必須延長處理時間，使清洗的成本大大提高，另一方面有可能是它在與厚油垢相互接觸的過程中，引發油垢分子結構中的不飽和鍵發生了聚合，偶聯等復雜反應而形成較堅硬的樹脂化立體網狀結構有關。一旦形成這類樹脂膜他將很難被清(除)。因此通常只用等離子清洗厚度在幾個微米以下的油污。
        由于等離子體清洗過程需要進行真空處理，而且一般為在線為在線或批量生產，因此在把等離子體清洗裝置引進生產線時，必須考慮到被清洗工件的貯存和移送的問題，特別是當被處理工件體積較大，數量較多更應考慮到這個問題。
        而然我們在工業應用中發現一些橡膠塑料件在進行表面連接的時候會出現粘接困難的問題，這是因為聚丙烯、PTFE等橡膠塑料材料是沒有極性的，這些材料在未經過表面處理的狀態下進行的印刷、粘合、涂覆等效(果)很差，甚致無法進行。 有些工藝用一些化學藥劑對這些橡塑表面進行處理，這樣能改變材料的粘接效(果)，但這種方法不易掌握，化學藥劑本身具有毒性，操作很麻煩，成本也較高，而且化學藥劑對橡塑材料原有的優良性能也有影響。 利用等離子技術對這些材料進行表面處理，在高速高能量的等離子體的轟擊下，這些材料結構表面得以很大化，同時在材料表面形成一個活性層，這樣橡膠、塑料就能夠進行印刷、粘合、涂覆等操作。應用等離子技術對橡塑表面處理，其操作簡單，處理前后沒有有害物質產生，處理效(果)好，效率高，運行成本低。